"Почему, - спрашивают нас, - ладья (А), но лодка. Разве это не родственные слова?"
Поясняет кандидат филологических наук Юлия Сафонова.
Ладья и лодка – слова родственные, у них один прапрапрародитель. Но пишутся эти слова по-разному. И вот почему. Слово ладья – в русском языке из старославянского языка, а слово лодка – собственно русское. Русский язык относится к восточнославянской группе языков. Старославянский язык – к южнославянской группе и соответственно отражал характерные фонетические черты этой группы. Одна из таких черт - начальные ра-, ла- в соответствии с русскими ро-, ло-.
Вот это и объясняет А в старославянской ладье и О в русской лодке. Ладья, как и другие старославянизмы, - слово поэтическое и книжное, не каждую лодку назовут ладьей. А лодка, лодочка – плывет по всему течению русской языковой стихии.
Вспомнилось мне название города Лодейное поле. Так вот именно Лодейное – через О, потому как название это собственно русское.