11 декабря 1699 года Петр I учредил Андреевский флаг в качестве официального флага российского военного флота.
В архивах сохранились наброски вариантов морского флага, сделанные Петром. Практически с самого начала просматривалась идея использовать в изображении диагональный крест, на котором был распят святой мученик Андрей Первозванный. В "Повести временных лет" рассказывается, что он, как первый ученик Христа, посетил и освятил места, где стояли два важнейших древнерусских центра – Киев и Новгород. С тех пор Андрей Первозванный почитается небесным покровителем России. "От сего Апостола приняла Россия святое крещение", – так объяснил Петр I свой выбор, когда утверждал военно-морской флаг.
В Русском императорском флоте была особая традиция почитания флага. Словами "С нами Бог и Андреевский флаг" командиры кораблей напутствовали свои экипажи перед боем. Корабельный устав предписывал защищать флаг до последнего. Спуск Андреевского флага перед лицом неприятеля считался несмываемым позором. Так, во время русско-турецкой войны 1828-1829 годов фрегат "Рафаил" попал в окружение нескольких турецких кораблей. И его командир Семен Стройников приказал спустить Андреевский флаг, хотя военный совет офицеров судна принял решение драться до последнего, а затем, подойдя к ближайшему кораблю врага, взорвать "Рафаил". Однако Стройников решил спасти жизнь экипажа ценой чести Андреевского флага. К тому же, этот бой не имел какого-либо стратегического значения – Турция вскоре капитулировала. Однако император Николай I приказал разжаловать всех офицеров фрегата, а имя "Рафаил" навсегда было вычеркнуто из списков Российского императорского флота...
После революции на всех судах военного флота вместо Андреевского флага было поднято красное полотнище Интернационала.
В 1992 году указом президента Андреевскому флагу был возвращен статус Военно-Морского флага России.